sz =szürke, p =pej, f = fekete, s = sárga, ? = a fekete és a sötétpej összetévesztésére utal, egyébként pej itt nem születne meg

A ló színöröklődésének elméletét elsősorban amerikai genetikusok dolgozták ki. Ez érthető, hiszen Amerikában több olyan fajta alakult ki, vagy van kialakulóban, amelynek alapja a különleges szín (palomino, appaloosa, pinto). Ezért az amerikai rendszer a legkidolgozottabb és legáltalánosabban elfogadott. A ló színének öröklődésével kapcsolatos kutatásokat azonban még nem lehet lezártnak tekinteni.

A szín örökítésében szereplő lokuszok:

 A lokusz. Ez hozza létre a pej színt. Génjei a fekete eumelanint barnásvörösre változtatják. Ez azonban nem érvényesül a test egészére, a lábvégek, farok és a sörény feketék maradnak. Három gént tételezünk fel itt.

- A domináns gén a t, és az a fölött, nem teljes dominanciával, és a közönséges pej színt hozza létre;

- at nem tökéletes dominanciával a sötét pej különböző változatait;

- a recesszív gén, nem hat az eumelanin képződésére, ezért ha homozigóta, érvénye- sül az egész testen a fekete szín.

Az A lokuszon tehát a következő variációk fordulhatnak elő:
- AA szép középpej, amely jól öröklődik;
- Aat sötétebb pej, világos gyűrű az orrháton, a száj körül és a ló vékonyán;
- Aa sötét gesztenyepej;
- atat erősen almázott sötétpej, világos gyűrű az orr körül, nem túl sötét színben;
- ata nyári fekete, a vékonyán és a szája körül világosabb,
- aa fekete.

    B lokusz. A fekete pigment, az eumelanin termeléséért felelős. Sok kutató felfogása szerint csak homozigóta domináns gének fordulnak elő ezen a lokuszon a ló fajban, és csak más lokuszok modifikáló vagy gátló hatása alatt változik vörössé vagy marad el a pigment termelése. Van azonban olyan elmélet is, amely ezen a lokuszon feltételezi a "b" recesszív alléllétét is. Ez olyan fehérjét termel, amely megakadályozza az eumelanin termelődését, és helyette vörös pheomelanint hoz létre. Eszerint a bb genotípus a sárga színt adja.

    C lokusz. Feltételezik, hogy a C gén domináns, és hagyja a többi lokusz génjeit érvényesülni, nincs hatása a színekre. A cr allél viszont felhígít ja a színt, világossá teszi, és hatására a sárgából a mosott sörényű változatok alakulnak ki, a peből a ritka mosott pej, a világosabb pej ezekből pedig egy fakó változat lesz. A fekete lovakra általában nincs hatása ennek az alléinak, esetleg a lovak szeme lesz valamivel világosabb. Homozigóta formában viszont tekintet nélkül arra, hogy milyen allélok fordulnak elő a többi lokuszon, a ló a cremelIo színt veszi fel.
 

    E lokusz. Az e recesszív allél teljes egészében megakadályozza a fekete szín termelődését, és így homozigóta formájában kialakul a sárga szín. Az E domináns allélnek viszont nincs hatása, és minden pej és fekete színváltozat szabadon érvényesülhet. Van, aki feltételez még ezen a lokuszon egy harmadik gént is, amely a domináns fekete színt hozza létre, ez az eD gén a sejtek pigmenttermelésére hat, és akkor, ha más ezután tárgyalandó lokuszok különböző tarka színvariációkat adnak, sokféle változat létrehozásáértlehet felelős.

    D lokusz. Hatása a c lokusz génjeihez hasonlóan a színek fakóbb á, világosabbá tétele. Az itt előforduló domináns gén D a feketét egérfakóra módosítja, a pejből a valódi fakó szín különböző változatai állnak elő, a sárga pedig a nem fekete, hosszú szőrökkel rendelkező fakók különböző variánsait adja. A d gén nem hat a fenotípusra, tehát a pej, a fekete és a sárga színű lovak genotípusa dd.

    G lokusz. A szürke színt hozza létre. Ez a szín a korral alakul ki és egyre fehérebb lesz. A többi színnel szemben episztázisos fölényben van. A GG genotípusú lovak hamarabb szürkülnek és világosabbak lesznek, mint a Gg heterozigóták. Az egyéb színű lovak genotípusa ezen a lokuszon gg. Úgy tűnik, hogy hatása abban áll, hogy a test felületén már eloszlott melanoblasztok működését akadályozza meg. A szürke szín különböző változatai attól függően alakulnak ki, hogy a többi lokuszon milyen allé- lek találhatók (pl. feketéből acélszürke, sárgából mézszürke). Idős lovakon melanomák alakulhatnak ki a pigment vándorlása folytán, főképp a végbélnyílás tájékán.

    P lokusz. Az itt található P gén hozza létre a tarka színt. Ha a recesszív p allél itt homozigóta pp formában található, akkor ennek a genotípusnak a ló színére nincs hatása. Amerikai kutatók ennél sokkal bonyolultabb magyarázatot keresnek a tarka változatainak kialakulására.

    O lokuszról is beszélnek, amelyen a gének az overo típusú tarkaságot* hozzák létre, különböző modifikáló génekkel együtt. E szerint az elmélet szerint az itt található o1 mutáns allél letális fehér színt hozna létre. Ez az ún. fehércsikó szindróma, amely nem azonos a letális fehér színnel. Az itt előforduló allélek: O hatás nélküli, az o az overo szín okozója és a letális o1 a leghiposztatikusabb gén.

* A hát vonala általában színes, a fej ugyancsak sok jeggye!. A lábak is színesek. A fehér foltok többnyire vízszintes irányt követnek, a szemek kékek, a lábak színesek. Az overóval szemben a tobiano színt az jellemzi, hogy a lábon fehér foltok fordulnak elő, a lábak fehérek, a fehér foltok általános elhelyeződése nem vízszintes, a foltok széle mindig éles.

    A T lokuszon a domináns T gén nagyon sok modifikáló tényezővel és a többi színgénnel együtt adja a sok tobiano színváltozat valamelyikét.

    S lokusz. Az itt található gén okozza a tarkaság párductarka változatát (appaloosa). Ennek nagyon sok variánsa van, ezért a többi színörökítő génnel és kisebb modifIkálótényezőkkel együttesen képzelik el a hatásmechanizmusát. A különböző genetikusok között ellentmondás van a tarka különböző változatainak genetikai alapját illetően. Van, aki P vagy Pi, illetve T lokuszról beszél, van, aki megkülönbözteti az O lokuszt, van, aki nem.

    R lokusz. Az R gén a deres színváltozatokat hozza létre az alapszínektől függően fekete (vas-) deres, pej és sárga deres. Az r gén recesszív, nincs hatása.

    W lokusz. Ezen a lokuszon találhatók azok a gének, amelyek a veleszületett fehér színt hozzák létre. Valószínűleg több allél fordul elő ezen a helyen. Ezek, a foltokat okozó S lokusz génjeivel kölcsönhatásban, a párductarka színben megtalálható sok változat egyikét-másikát hozzák létre (pl. fehér "takaró" a csípőkön vagy a háton stb.) WaP. Ezeknek a géneknek pleiotrop hatásuk is van, amelyet elsősorban egerekben írtak le. A lóban ennek részletes kidolgozásával napjainkban Amerikában intenzíven foglalkoznak. A W (sokan Lw-nek nevezik) gén episztázisos hatású a többi színnel szemben, és homozigóta formában letális, azaz embriókorban elpusztul a csikó.

BIo lokusz. Nem általánosan elfogadott öröklési tényező. W. E. Jones feltételezi, hogy ez a lokusz tartalmazza azt a gént, amely szabálytalan szőrnövekedést okoz, és azokat a foltokat alakítja ki, amelyeket a szürkében mint legyes- vagy szeplősszürkét észlelünk. A - színek öröklődését a felvázolt elméletnek megfelelően a 2. táblázat mutatja.